가. 사건의 배경

이 사건은 금융소득에 대한 분리과세를 규정한 금융실명거래및비밀보장에관한법률의 규정에 대하여 합헌결정을 한 사건이다.
금융실명거래및비밀보장에관한법률 부칙 제12조는 종래 부분적으로 실시되던 금융소득종합과세제도를 폐지하고 금융소득에 대한 분리과세제도를 도입하면서 세율을 15%에서 20%로 인상하는 규정이다.
청구인들은 은행에 금융자산을 보유하고 있는 예금주들인데, 이 사건 법률조항으로 인하여 저소득층과 중산층의 금융소득에 대한 세부담이 증가함으로써 자신들의 기본권이 침해되었다고 주장하면서 위 법률조항의 위헌확인을 구하여 헌법소원심판을 청구하였다.
"금융소득 종합과세"는, 이자소득 및 배당소득과 같이 금융거래를 통하여 획득한 소득을 근로소득등 다른 소득과 합산하여 총소득을 산정한 뒤 누진세율에 따라 세금을 부과하는 방식을 말한다. 이에 대하여 금융소득과 기타 소득을 분리하여 과세하는 형식을 "금융소득 분리과세"라 한다. 금융소득은 현행 소득세법상 종합소득에서 분리하여 과세하면서 단일세율을 적용하는 유일한 소득이다.
입법자는 조세부담의 형평성 문제를 이유로 1996. 1. 1.부터 금융소득종합과세를 부분적으로 도입하여, 부부의 금융소득이 4000만원을 넘으면 다른 소득과 합산하여 소득규모에 따라 10-40%의 누진세율을 적용하도록 하고, 4000만원 이하일 경우에는 일률적으로 15%의 소득세만 내도록 하였다. 그러나 입법자는 한국 경제가 IMF 구제금융체제에 들어서자 금융소득 종합과세를 실시한지 2년만에, 금융위기를 극복하는데 도움이 되지 않는다는 이유로 1997. 12. 31.부터 금융소득 분리과세를 다시 도입하고 원천징수세율도 15%에서 20%로 인상하였다.

나. 결정의 주요내용

헌법재판소는 다음과 같이 재판관 전원의 일치된 의견으로 금융실명거래및비밀보장에관한법률 부칙 제12조는 합헌이라는 결정을 내렸다.
우선 금융소득에 대하여 분리과세를 하면서 단일세율을 적용한 것이 조세평등주의에 위반되는가를 살펴보면, 조세평등주의가 요구하는 담세능력에 따른 과세의 원칙은 한편으로 동일한 소득은 원칙적으로 동일하게 과세될 것을 요청하며(이른바 "수평적 조세정의"), 다른 한편으로 소득이 다른 사람들간의 공평한 조세부담의 배분을 요청한다(이른바 "수직적 조세정의").
담세능력의 원칙은 소득이 많으면 그에 상응하여 많이 과세되어야 한다는 것, 즉 담세능력이 큰 자는 담세능력이 작은 자에 비하여 더 많은 세금을 낼 것과, 최저생계를 위하여 필요한 경비는 과세로부터 제외되어야 한다는 최저생계를 위한 공제를 요청할 뿐 입법자로 하여금 소득세법에 있어서 반드시 누진세율을 도입할 것까지 요구하는 것은 아니다. 소득에 단순비례하여 과세할 것인지 아니면 누진적으로 과세할 것인지는 입법자의 정책적 결정에 맡겨져 있다. 그러므로 이 사건 법률조항이 소득계층에 관계없이 동일한 세율을 적용한다고 하여 담세능력의 원칙에 어긋나는 것이라 할 수 없다.
한편, 분리과세하에서는 저소득층의 경우 동일한 소득계층에 속하는 납세자간에도 금융소득의 비중이 많은 납세자가 상대적으로 더 많은 세금을 부담하게 된다. 그러나 입법자는 IMF 구제금융체제라는 절박한 경제위기를 극복하여야 한다는 국민경제적 관점에서 금융소득에 대한 분리과세를 시행하기로 정책적 결단을 내린 것이고 이 결정이 명백히 잘못되었다고 볼 수 없으므로, 금융소득의 비중이 많은 납세자가 상대적으로 불이익을 받게 된다 하더라도 이를 정당화하는 합리적인 이유가 있다고 할 것이다. 그러므로 이 사건 법률조항은 조세평등주의에 위반되지 아니한다.
금융소득 분리과세제도가 헌법상의 경제질서에 대한 위반되는지의 여부를 살펴 보면, 헌법 제119조 제2항은 국가가 경제영역에서 실현하여야 할 목표의 하나로서 '적정한 소득의 분배'를 들고 있지만, 이로부터 반드시 소득에 대하여 누진세율에 따른 종합과세를 시행하여야 할 구체적인 헌법적 의무가 조세입법자에게 부과되는 것이라고 할 수 없다. 이 사건 법률조항은 '적정한 소득의 분배'만이 아니라 '균형있는 국민경제의 성장과 안정'이라는, 경우에 따라 상충할 수 있는 법익을 함께 고려하여 당시의 경제상황에 적절하게 대처하기 위하여 내린 입법적 결정의 산물로서, 그 결정이 현저히 불합리하다거나 자의적이라고 할 수 없으므로 이를 두고 헌법상의 경제질서에 위반되는 것이라고 볼 수 없다.
마지막으로, 금융소득 분리과세가 저소득층의 인간다운 생활을 할 권리를 침해하는지 여부에 관하여 살펴 보면, 소득에 대한 과세는 원칙적으로 최저생계비를 초과하는 소득에 대해서만 가능하다. 이는 국민에게 인간다운 생활을 할 최소한의 조건을 마련해 주어야 한다는 사회국가원리의 관점에서 뿐만 아니라 담세능력은 최저생계를 위한 소득을 초과해야 비로소 발생한다는 담세능력에 의한 과세원칙의 관점에서도 요청되는 것이다. 그러나 이 사건 법률조항이 비록 최저생계비는 과세되어서는 아니된다는 헌법적 요청에 대한 예외를 설정하고 있다고 할지라도, 공제제도를 두는 경우 납세자에게 돌아가는 실익에 비하여 과도한 행정적 부담이 있고 금융소득에 대한 분리과세는 한시적으로 이루어지고 있으며 여러 가지 세금우대 저축제도가 있다는 점 등 이를 정당화할 수 있는 합리적 사유가 있는 만큼 그로 인하여 저소득층의 인간다운 생활을 할 권리가 침해되었다고 보기 어렵다.

다. 사후경과

정부는 금융소득도 소득의 일종인데 그에 대해서만 유독 분리과세를 체택하여 소득의 많고 적음과는 관계없이 일률적으로 같은 세율을 적용하는 것은 불평등하다는 조세부담의 형평을 이유로 1996년 1월 금융소득종합과세제도를 도입하여 약 2년 동안 시행하였으나, 1997년 12월 금융위기의 극복에 도움이 되지 않는다는 이유로 그 시행을 유보하였다. 그러나 IMF 체제 이후 부익부 빈익빈 현상이 심화된다는 지적이 많아 공평과세의 차원에서라도 종합과세의 실시가 불가피하다는 것이 정부의 입장이자 일반적인 여론이다. 정부는 국민경제가 정상적인 궤도에 들어서고 금융시장이 안정세를 보임에 따라, 금융소득에 대한 종합과세를 2001년부터 다시 시행한다는 취지의 종합과세 개정안을 마련하였다.