가. 사건의 배경
(1) 이 사건에서 문제된 독점규제및공정거래에관한법률(이하 "공정거래법") 조항은 불공정거래행위의 한 유형인 부당지원행위를 한 사업자에 대하여 공정거래위원회가 그 사업자 매출액의 2% 범위 내에서 과징금을 부과할 수 있도록 규정하고 있다. 부당지원행위의 본래 적용범위에는 개인사업자간의 부당지원행위도 포함되지만, 주로 문제가 되는 것은 재벌기업 내의 계열회사 간의 부당지원행위이다. 재벌기업 내의 계열회사 간의 부당지원행위라 함은 재벌기업의 한 계열회사가 다른 계열회사에 대하여 상품, 용역, 자금, 자산, 인력 등을 무상으로 제공하거나 현저히 유리한 조건으로 거래하여 줌으로써 부당하게 지원하는 행위를 말한다.
(2) 이 사건에서 공정거래위원회는 다른 계열회사를 부당하게 지원하였던 한 재벌기업의 계열회사들에 대하여 위 공정거래법 조항(이하 "이 사건 법률조항"이라고 한다)에 의하여 거액의 과징금을 부과하였다. 이에 해당회사들은 공정거래위원회를 상대로 과징금부과처분의 취소를 구하는 소송을 제기하였고, 그 소송을 담당한 법원은 과징금 부과의 근거가 되었던 이 사건 법률조항에 대해 직권으로 위헌여부의 심판을 제청하였다.

나. 결정의 주요내용
헌법재판소는 재판관 9인중 5인의 다수의견으로, 이 사건 법률조항이 이중처벌금지원칙, 비례성원칙, 적법절차원칙 등에 위반되지 않아 합헌이라고 결정하였는바, 그 이유의 요지는 다음과 같다.
(1) 다수의견의 요지
(가) 대기업집단 내의 계열회사간의 부당내부거래는 독과점적 이윤을 상호간에 창출시키게 되고, 그 결과 대기업집단 소속 계열회사들의 독점력을 강화함으로써 경제력 집중의 폐해를 야기하며, 우량 계열기업의 핵심역량이 부실 계열기업으로 분산·유출되어 우량기업의 경쟁력이 저하됨에 따라 기업집단 전체가 동반 부실화할 위험을 초래한다. 이 사건 법률조항은 이와 같은 폐해를 억제하기 위한 조항이다.
(나) 헌법 제13조 제1항은 "모든 국민은 … 동일한 범죄에 대하여 거듭 처벌받지 아니한다."고 규정하여 이중처벌금지의 원칙을 규정하고 있다. 헌법재판소는 기존의 선례에서 이중처벌금지원칙의 의미에 관하여, 헌법 제13조 제1항에서 금지하는 이중처벌은 거듭된 국가의 형벌권 행사를 금지하는 것일 뿐, 형벌권 행사에 덧붙여 일체의 제재나 불이익처분의 부과를 금지하는 것이 아님을 거듭 밝힌 바 있다.
행정법은 의무를 명하거나 금지를 설정함으로써 일정한 행정목적을 달성하려고 하는데, 그 실효성을 확보하기 위하여는 의무의 위반이 있을 때에 행정형벌, 과태료, 영업허가의 취소·정지, 과징금 등과 같은 불이익을 가함으로써 의무위반 당사자나 다른 의무자로 하여금 더 이상 위반을 하지 않도록 유도하는 것이 필요하다. 이와 같은 '제재를 통한 억지'는 행정규제의 본원적 기능이라 볼 수 있는 것이다.
이 사건 법률조항에 기한 부당내부거래에 대한 과징금은 그 취지와 기능, 부과의 주체와 절차 등을 종합할 때 부당내부거래 억지라는 행정목적을 실현하기 위하여 그 위반행위에 대하여 제재를 가하는 행정상의 제재금으로서의 성격을 가지고 있으며 이를 두고 헌법 제13조 제1항에서 금지하는 국가형벌권 행사로서의 처벌에 해당한다고는 할 수 없으므로 이중처벌금지원칙에 위반된다고 볼 수 없다.
(다) 부당지원행위에 대하여 형사처벌과 과징금을 병과할 수 있도록 정한 것이 이중처벌금지의 원칙에 위반되지 않는다고 하여 국가가 하나의 법 위반행위에 대하여 제재를 거듭하는 것이 제한 없이 용인된다는 것은 아니다. 국민에게 부담을 가하는 공권력작용은 궁극적으로 헌법상 비례의 원칙의 제약을 벗어날 수 없으므로 그 제재의 총합이 법 위반행위에 비하여 지나치게 무거운 것이어서는 아니 된다.
이 사건 법률조항은 부당지원을 한 사업자의 매출액을 기준으로 하여 그 2% 범위 내에서 과징금을 정하도록 하고 있다. 입법자는 사업자의 매출액을 사업자의 법 위반행위를 통한 경제적 이익의 증가를 측정할 수 있는 지표로 보고서 그 매출액을 기준으로 삼아 과징금액의 상한을 책정토록 한 것이며, 이와 같은 입법자의 판단은 합리성이 있다 할 것이다. 또한 이는 자본력이 강한 대기업에 대하여도 충분한 제재 및 억지의 효과를 발휘하기 위한 정책적 고려에도 기초한 것으로써 병존하여 부과될 수 있는 형사처벌의 정도(2년 이하의 징역 또는 1억5천만원이하의 벌금)를 고려하여 보더라도 지나치게 가혹한 제재라고 하기 어렵다.
결국, 부당내부거래의 실효성 있는 규제를 위하여 형사처벌의 가능성과 병존하여 과징금 규정을 둔 것 그 자체는 물론, 지원기업의 매출액을 과징금의 상한기준으로 삼은 것을 두고 비례성원칙에 반하여 과잉제재를 하는 것이라 할 수 없다.
(라) 입법자가 이 사건 법률조항에서 공정거래위원회에게 과징금에 관한 결정권한을 부여한 것은 부당내부거래를 비롯한 다양한 불공정행위가 시장에 미치는 부정적 효과 등에 관한 사실수집과 평가는 이에 대한 전문적 지식과 경험을 갖춘 기관이 담당하는 것이 보다 바람직하다는 정책적 결단에 입각한 것이다. 아울러 과징금의 부과 여부 및 그 액수의 결정권자인 공정거래위원회는 합의제 행정기관으로서 그 구성에 있어 일정한 정도의 독립성이 보장되어 있다는 점, 과징금 부과절차에서는 통지, 의견진술의 기회 부여 등을 통하여 당사자의 절차적 참여권을 인정하고 있다는 점, 행정소송을 통한 사법적 사후심사가 보장되어 있는 점들을 종합적으로 고려할 때 이 사건 법률조항이 정한 과징금 부과 절차가 적법절차원칙에 위반되거나 사법권을 법원에 둔 권력분립의 원칙에 위반된다고 볼 수 없다.

(2) 반대의견의 요지
위 과징금은 부당하게 다른 회사를 지원한 기업에게 가해지는 제재금의 성격을 가지고 있다. 그런데 비록 기업의 부당지원행위를 응징하고 처벌하는 것이 필요하다 하더라도 위법행위와 그에 대한 처벌 내지 제재 사이에는 정당한 상관관계가 있어야 한다는 헌법상의 자기책임의 원리는 지켜져야 할 것이다. 그런데 매출액의 규모와 부당지원과의 사이에는 원칙적으로 상관관계를 인정하기가 곤란하고, 따라서 부당지원행위에 대하여 매출액을 기준으로 과징금을 부과할 수 있도록 하는 것은 부당지원이라는 자기의 행위와 상관관계가 없는 매출액이라는 다른 요소에 의하여 책임의 범위를 정하는 것이 되어 자기책임의 원리에 위배된다.
또한, 과징금의 부과절차는 적법절차의 원칙상 적어도 재판절차에 상응하게 조사기관과 심판기관이 분리되어야 하고, 심판관의 전문성과 독립성이 보장되어야 하며, 증거조사와 변론이 충분히 보장되어야 하고, 심판관의 신분이 철저하게 보장되어야만 할 것인데도, 현행 제도는 이러한 점에서 매우 미흡하므로 적법절차의 원칙에 위배된다.
한편, 반대의견을 밝힌 재판관 중 1인의 재판관은 나머지 재판관 3인의 반대의견과 입장을 같이 하면서, 나아가 이 사건 법률조항은 이중처벌금지원칙과 무죄추정원칙에도 위배된다고 보았다.